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特別研究員募集（26-823）

募集研究室

脳神経科学研究センター 統合計算脳科学連携部門 脳画像解析開発ユニット
（ユニットリーダー：SKIBBE Henrik）

研究室の概要

脳画像解析開発ユニットは、機械学習、とりわけ深層学習を用いた手法を開発し、大規模な顕微鏡画像およびMRIデータから霊長類の脳を再構築することを目指しています。Brain/MINDS 2.0プロジェクトの一環として、高解像度の二光子顕微鏡画像・明視野顕微鏡画像、空間トランスクリプトミクス、順行性トレーサー、拡散MRIを統合し、マーモセットの全脳にわたるマルチモーダルな三次元アトラスの構築に取り組んでいます。

私たちは、本質的に難しい方法論的課題（ギガボクセル規模の画像、高密度な神経線維のトレーシング、モダリティ間のレジストレーション）と、それらに取り組むための希少かつ大規模なデータの双方を併せ持つ、他にはあまり例のない環境にあります。そこでは、実用に足る正解データ（ground truth）をいかに構築するか自体が中心的な課題となっています。

当ユニットは情報科学・神経科学・医学の境界領域で研究を行っており、論文として発表するだけでなく、実際に使われる手法を作ることを重視しています。

募集職種、募集人数及び職務内容

募集職種、募集人数

特別研究員 1名
博士号取得5年未満の者

職務内容

当ユニットは、Brain/MINDS 2.0プロジェクトにおいて、マーモセット脳の大規模な顕微鏡画像・MRI解析のための深層学習手法を開発しています。最近の論文については、Brain Image Analysis Unitのウェブサイトをご覧ください。

このたび、Brain/MINDS 2.0プログラムに参加し、顕微鏡画像およびMRI脳画像解析のための深層学習アルゴリズムの開発に意欲的に取り組んでいただける方を募集します。現在の重点テーマは神経線維追跡（ニューロントレーシング）と軸索再構築ですが、これに関連する以下のような分野で力を発揮できる優れた方を歓迎します。

  • （確率的）深層学習を用いた、高密度な三次元トレーサーデータにおける神経線維追跡・軸索再構築
  • 高密度な三次元神経線維追跡のための、人工的な正解データを生成する生成モデル
  • GPUメモリに収まらない超大規模な三次元画像に対する深層学習
  • 相互情報量に基づく指標にとどまらない、深層学習によるモダリティ間（例：顕微鏡画像とMRI/CT）の画像レジストレーション
  • 生体医用画像データのための基盤モデルおよび大規模言語モデル
  • 同一個体の順行性トレーサーデータを用いて検証する、深層学習による拡散MRIトラクトグラフィー

生体医用画像解析の経験があれば望ましいですが、必須ではありません。

契約期間中または契約更新時に業務変更がある場合は、上記職務内容の範囲で行います。

応募資格

情報科学、生体医工学、またはそれらに密接に関連する分野など、当ユニットの研究テーマに関連する分野で博士の学位を有する方、または採用日までに博士号取得見込みの方を対象とします。

画像解析・処理のための深層学習手法の開発において確かな実績を有し、関連分野の評価の高い査読付き論文誌または主要な国際会議での発表実績があることを期待します。加えて、神経線維追跡（ニューロントレーシング）や曲線・樹状構造の再構築、確率モデリングおよびベイズ推論、拡散MRI／トラクトグラフィー、生物・医用・神経画像処理、画像レジストレーション、コンピュータビジョン、機械学習、最適化、大規模あるいはメモリに収まらない三次元画像の処理などの分野における専門性があれば、大きな強みとして評価します。

学術的な文章の作成および口頭でのコミュニケーションに十分な英語力を必須とします。また、Pythonまたは類似の言語を高度に使いこなせること、加えてPyTorchやTensorFlowなどの深層学習フレームワークの使用経験があることが望ましいです。多分野にまたがるチームの中で効果的に協働できる能力、すなわち高い技術力と対人スキルの双方を備えていることを重視します。

勤務地

理化学研究所 和光地区（埼玉県和光市広沢2-1）

業務上の必要が生じた場合、規程に基づき、勤務地の変更を命じることがあります。

待遇

  • 1.単年度契約の任期制職員で、評価により採用日から2030年3月31日を上限として契約更新可能。
  • 2.ただし、能力、契約満了時の業務量、勤務成績、勤務態度、所属しているセンター等若しくは研究室等又は従事しているプロジェクトの存続及び当研究所の経営の状況、予算状況等により、契約更新可能期間については変更になる場合もあります。また、原則として70歳を超えての契約更新は行いません。

原則として2ヶ月の試用期間有り。

給与は、経験、能力、実績に応じた年俸制で、固定給と変動給により構成されます。変動給額は経験、能力、実績に応じて毎年度決定されます。

裁量労働手当、通勤手当、住居手当の支給有り。社会保険の適用有り。

採用時の給与額の目安について

採用時の裁量労働手当月額及び年俸月額の合計は382,610円以上になります。

自宅等を就業場所とする在宅勤務制度があります。

専門業務型裁量労働制適用で、1日7時間30分就業したものとみなされます。

休日は、土日、祝日、年末年始（12月29日-1月3日）、当研究所設立記念日。
休暇は、年次有給休暇（採用月に応じて最大年20日）、特別有給休暇（子の看護、介護など）、ワークライフバランス休暇（採用月に応じて最大年7日）など。
その他、産前産後休業、育児休業、介護休業制度等あり。
敷地内全面禁煙。
その他、当研究所規程による。
理研共済会（互助組織）に要入会。

  • ※科学研究費助成事業（科研費）への申請資格有り
  • ※理化学研究所は、男女共同参画及びダイバーシティ推進に積極的に取り組み、多様性豊かで活気ある研究環境の整備を進めています。公正な評価に基づき能力が同等と認められる場合は、女性を積極的に採用します。
  • ※和光地区内には、託児施設「りけんキッズわこう」を設置しています。詳細については、厚生担当kids@riken.jpまでお問い合わせください。

応募方法及び締切日

提出書類

※提出書類についてはすべて英語で作成をお願いします。

応募方法

推薦書以外の提出書類をZipファイルにまとめ、以下のリンク先へアップロードしてください。
脳神経科学研究センター統合計算脳科学連携部門脳画像解析開発ユニット（特別研究員）応募書類

Zipファイルの名前には、連絡先メールアドレスを必ず含めてください。
アップロード完了後、アップロードしたファイル名を bia-jobs@ml.riken.jpまで、必ずお知らせください。

推薦書は、推薦者より直接ご提出いただきます。ファイル名を「脳神経科学研究センター統合計算脳科学連携部門脳画像解析開発ユニット（特別研究員）公募（応募者氏名）の推薦書」とした上で、本文に応募者氏名と推薦者氏名・連絡先を明記の上、以下のリンク先へアップロードしてください。アップロード完了後、アップロードしたファイル名をbia-jobs@ml.riken.jpまで、必ずお知らせください。

脳神経科学研究センター統合計算脳科学連携部門脳画像解析開発ユニット（特別研究員）応募書類

7日以内に受領確認のメール返信がない場合は、応募書類が届いていない可能性がありますので、bia-jobs@ml.riken.jpまでご連絡ください。

※応募書類は返却できませんので予めご了承ください。

締切日

候補者決定次第、締め切り

個人情報の取り扱いについて

提出していただいた書類は、国立研究開発法人理化学研究所個人情報保護規程に則り厳重に管理し、当研究所における採用審査の用途に限り使用されます。
これらの個人情報は正当な理由なく第三者への開示、譲渡及び貸与することは一切ありません。

選考方法

書類審査後、選考通過者のみ面接を実施します。

採用決定の通知について

本選考に関する採用決定（内定）の通知は、研究所からの雇用契約書の提示、または、内定通知書の提示によって行います。

着任時期

候補者決定後、できるだけ早い時期

お問い合わせ先

脳神経科学研究センター
統合計算脳科学連携部門 脳画像解析開発ユニット
Email: bia-jobs@ml.riken.jp
お問い合わせはメールでお願い致します。

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