生命医科学研究センター AI駆動実験医学研究チーム
チームディレクター 清田 純(M.D., Ph.D.)
研究概要
生命医科学研究の新しいアプローチの創出にむけて、自動化された超並列実験・測定装置と強化学習・世界モデルを結合し、AIが自律的に科学実験を考案・実行・考察・学習するシステムの研究開発を行います。
研究主分野
- 複合領域
研究関連分野
- 情報学
- 総合理工
- 生物学
- 医歯薬学
キーワード
- 人工知能
- 世界モデル
- 強化学習
- 深層学習
- 実験自律化
主要論文
「*」は、理研外のみでの成果です。
- 1.
Yazaki J, Yamanashi T, Nemoto S, Kobayashi A, Han YW, Hasegawa T, Iwase A, Ishikawa M, Konno R, Imami K, Kawashima Y, Seita J.:
"Mapping adipocyte interactome networks by HaloTag-enrichment-mass spectrometry."
Biol Methods Protoc. 29;9(1):bpae039 (2024) - 2.
Ohta T, Hananoe A, Fukushima-Nomura A, Ashizaki K, Sekita A, Seita J, Kawakami E, Sakurada K, Amagai M, Koseki H, Kawasaki H.:
"Best practices for multimodal clinical data management and integration: An atopic dermatitis research case."
Allergol Int. 73(2):255-263. (2024) - 3.
Sekita A, Kawasaki H, Fukushima-Nomura A, Yashiro K, Tanese K, Toshima S, Ashizaki K, Miyai T, Yazaki J, Kobayashi A, Namba S, Naito T, Wang QS, Kawakami E, Seita J, Ohara O, Sakurada K, Okada Y, Amagai M, Koseki H.:
"Multifaceted analysis of cross-tissue transcriptomes reveals phenotype-endotype associations in atopic dermatitis."
Nat Commun. 2;14(1):6133. (2023) - 4.
Kobayashi M, Wei H, Yamanashi T, Azevedo Portilho N, Cornelius S, Valiente N, Nishida C, Cheng H, Latorre A, Zheng WJ, Kang J, Seita J, Shih DJ, Wu JQ, Yoshimoto M.:
"HSC-independent definitive hematopoiesis persists into adult life."
Cell Rep. 28;42(3):112239. (2023) - 5.
Sato Y, Oguchi A, Fukushima Y, Masuda K, Toriu N, Taniguchi K, Yoshikawa T, Cui X, Kondo M, Hosoi T, Komidori S, Shimizu Y, Fujita H, Jiang L, Kong Y, Yamanashi T, Seita J, Yamamoto T, Toyokuni S, Hamazaki Y, Hattori M, Yoshikai Y, Boor P, Floege J, Kawamoto H, Murakawa Y, Minato N, Yanagita M.:
"CD153/CD30 signaling promotes age-dependent tertiary lymphoid tissue expansion and kidney injury."
J Clin Invest. 132(2):e146071. (2022) - 6.
*Travaglini KJ, Nabhan AN, Penland L, Sinha R, Gillich A, Sit RV, Chang S, Conley SD, Mori Y, Seita J, Berry GJ, Shrager JB, Metzger RJ, Kuo CS, Neff N, Weissman IL, Quake SQ, Krasnow MA.:
"A molecular cell atlas of the human lung from single cell RNA sequencing"
Nature 587(7835):619 (2020) - 7.
Yazaki J, Kawashima Y, Ogawa T, Kobayashi A, Okoshi M, Watanabe T, Yoshida S, Kii I, Egami S, Amagai M, Hosoya T, Shiroguchi K, Ohara O.:
"HaloTag-based conjugation of proteins to barcoding-oligonucleotides"
Nucleic Acids Res. 48(2):e8 (2020) - 8.
Kawashima Y, Watanabe E, Umeyama T, Nakajima D, Hattori M, Honda K, Ohara O.:
"Optimization of Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry for Deep and Highly Sensitive Proteomic Analysis"
Int J Mol Sci. 20(23) 5932 (2019) - 9.
Kawashima Y, Miyata J, Watanabe T, Shioya J, Arita M, Ohara O.:
"Proteogenomic Analyses of Cellular Lysates Using a Phenol-Guanidinium Thiocyanate Reagent"
J Proteome Res. 18(1), 301-308 (2019) - 10.
Rosental B, Kowarsky M, Seita J, Corey DM, Ishizuka KJ, Palmeri KJ, Chen SY, Sinha R, Okamoto J, Mantalas G, Manni L, Raveh T, Clarke DN, Tsai JM, Newman AM, Neff NF, Nolan GP, Quake SR, Weissman IL, Voskoboynik A.:
"Complex mammalian-like haematopoietic system found in a colonial chordate"
Nature. 564(7736) 425 (2018)
研究成果(プレスリリース)
2025年10月7日
ストレスタイプが決定する老化とがん化の分岐点とその仕組み
2024年11月19日
モノクローナル抗体の新スクリーニング法を開発
2019年11月29日
DNAバーコーディングによるタンパク質のデジタル定量法
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 清田 純
- チームディレクター
メンバー
- ELLIS Dorothy DeMore
- 特別研究員
- 長谷川 知子
- 上級テクニカルスタッフ
- 小林 敦夫
- テクニカルスタッフⅠ
- 横山 史絵
- テクニカルスタッフⅠ
- 桒原 玲子
- テクニカルスタッフⅠ
- 山梨 貴士
- 研修生
採用情報
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